本博士學位學程建立在本校「環境醫學頂尖研究中心」以及國家級毒理學研究室的基礎上，旨於培育毒理學人才以供政府機關、產業界及學術界毒理學專業人員的需求，尤以管理毒理學及臨床毒理學為重點發展方向。管理毒理研究以藥物濫用、臺灣本土中草藥安全性評估及建構毒理資訊平台等主題，加強國內藥物及食品安全風險管理之研究能力，並與美國食品藥物管理局 (FDA) 國家毒理研究中心 (NCTR) 合作，加強管理科學及風險管理之國際交流。臨床毒理研究與本校環境醫學頂尖研究中心緊密合作，該中心有三大研究群針對環境毒物、環境賀爾蒙、重金屬、檳榔、空氣污染物、奈米物質等主題進行環境因子之基因毒性與致病機轉的轉譯醫學研究與環境危害因子分子偵測與疾病診斷防治研究。進入本博士學位學程的研究生，將可依照自己的醫學專長領域與興趣，選擇研究方向加入相關研究團隊。